提取细胞RNA不是玄学,就三招,转录、基因表达稳!
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- 来源:
- 发布时间:2022-11-01 14:32
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【概要描述】俗话说:“工欲善其事,必先利其器”。想要在转录、基因表达等相关研究中取得好的结果,RNA提取质量是整个实验成功的基础。
提取细胞RNA不是玄学,就三招,转录、基因表达稳!
【概要描述】俗话说:“工欲善其事,必先利其器”。想要在转录、基因表达等相关研究中取得好的结果,RNA提取质量是整个实验成功的基础。
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俗话说:“工欲善其事,必先利其器”。想要在转录、基因表达等相关研究中取得好的结果,RNA提取质量是整个实验成功的基础。
敲黑板,细胞RNA提取重点有三:
样品细胞或组织的有效裂解;
去除蛋白,抑制内源RNase活性;
有效分离RNA与DNA;
一、培养细胞的有效裂解
培养细胞RNA存在于细胞质中,想要获取RNA,需要首先破除细胞膜,释放细胞质中的RNA。
针对培养细胞的有效破碎,目前常见的处理方法是直接加裂解液裂解细胞。
裂解常见问题包括:
1、裂解液的质量;
2、裂解液用量不足,RNA释放不充分;
3、组织裂解不充分;
4、未涡旋或吹打打散,影响裂解率;
二、去除蛋白质,抑制内源RNase活性
细胞裂解之后,裂解液中除了我们实验所需的RNA之外,DNA、蛋白质(包括RNase)等杂质都需要我们去除。
(一)去除蛋白质
从培养细胞中提取RNA,若未去除蛋白质或有蛋白质残留,将会造OD260/OD280<1.8。
提取RNA常用磁珠法和试剂盒中的蛋白酶K去除蛋白质。
1、磁珠法
运用纳米技术对超顺磁性纳米颗粒的表面进行改良和表面修饰后,制备成超顺磁性氧化硅纳米磁珠,该磁珠能在微观界面上与核酸分子特异性地识别和高效结合,通过洗涤、洗脱,去除蛋白质。
2、蛋白酶K
RNA提取试剂盒中含有蛋白酶K,可高效去除蛋白质。但蛋白酶K需要分装冻存,避免反复使用冻存失活,并减少污染。
(二)抑制内源RNase活性
RNase几乎无处不在,且特别稳定,内源性RNase是造成RNA降解的主要原因。
若RNA发生降解,会导致OD260/OD280>2.1,并在后续反转录得到的CDNA用于qPCR实验时,可能会导致Ct值偏大甚至没有Ct值。
现有的RNA抽提试剂,都含有快速抑制RNase的成分。在培养细胞中加入裂解液,细胞被裂解后,裂解液中的有效成分立即抑制住细胞内的RNase,所以RNA得以保持完整。
三、有效分离RNA与DNA
如果提取的RNA中含有DNA残留,会造成OD260/OD280<1.8。
RNA与DNA分离的方法:
(1)提取液中加入NaOH溶液
RNA可溶于NaOH溶液,而DNA不可溶,离心后的上清液就可获得纯净的RNA.
(2)试剂盒提取
试剂盒中含有DNsae、DNaseⅠ稀释液,用于溶解DNA。
另外,为得到良好的下游实验结果,核酸提取出来后,不管是否立即做下游实验,都需要进行分装冻存,避免反复冻存造成降解,并减少污染风险。
四、RNA提取得率低的其它原因
除了上述三个原因之外,另外还有几个原因可能导致RNA提取得率低:
(1)细胞中RNA含量偏低;
(2)样品量太少;
