离子交换填料的大分子聚合物基质可以由多种材料制成，聚苯乙烯离子交换填料(又称为聚苯乙烯树脂)是以苯乙烯和二乙烯苯合成的具有多孔网状结构的聚苯乙烯为基质。聚苯乙烯离子交换填料机械强度大、流速快。但它与水的亲和力较小，具有较强的疏水性，容易引起蛋白的变性。故一般常用于分离小分子物质，如无机离子、氨基酸、核苷酸等。以纤维素(Cellulose)、球状纤维素(Sephacel)、葡聚糖(Sephadex)、琼脂糖(Sepharose)为基质的离子交换填料都与水有较强的亲和力，适合于分离蛋白质等大分子物质，葡聚糖离子交换填料一般以Sephadex G－25和G－50为基质，琼脂糖离子交换填料一般以Sepharose CL－6B 为基质。关于这些离子交换填料的性质可以参阅相应的产品介绍。